13 сентября 1941 года к ГЭС вышли финны. Более двух лет Нижне-Свирская ГЭС находилась на линии фронта между советскими и финскими войсками и была сильно разрушена. В ходе Свирско-Петрозаводской операции накануне штурма ворота шлюза были взорваны, и вода уничтожила все переправы фашистов. Восстановление станции началось почти сразу — в 1944 году, и было закончено четыре года спустя.